O Protocolo é responsável pelo registro dos documentos, de setores, empresas, órgãos e população em geral. O protocolo online tem como objetivo dar acesso as informações dos processos que foram expedidos e recebidos dentro da instituição além da possibilidade de envio de novos processos, sem necessitar do deslocamento até a prefeitura.

O Protocolo do Aprova Digital, tem como foco os processos de obras e planejamento, como alvarás de construção, certidão de viabilidade, consulta prévia, viabilidade construtiva, habite-se (CCO) e renovações.