O Protocolo é responsável pelo registro dos documentos, de setores, empresas, órgãos e população em geral. O protocolo online tem como objetivo dar acesso as informações dos processos que foram expedidos e recebidos dentro da instituição além da possibilidade de envio de novos processos, sem necessitar do deslocamento até a prefeitura.
O Protocolo do Aprova Digital, tem como foco os processos de obras e planejamento, como alvarás de construção, certidão de viabilidade, consulta prévia, viabilidade construtiva, habite-se (CCO) e renovações.
Atendendo à Recomendação N°. 005/2019 do Ministério Público Federal (MPF), a Diretoria Municipal de Meio Ambiente de Criciúma não está mais licenciando atividades ou empreendimentos em áreas da Ação Civil Pública (ACP) do Carvão. De acordo com o MPF, a Diretoria deve encaminhar os processo de licenciamento ao Instituto do Meio Ambiente de Santa Catarina (IMA), que se trata do órgão licenciador na esfera estadual e realizou o licenciamento dos Planos de Recuperação de Áreas Degradadas (PRAD) destas áreas.
A Ação Civil Pública (ACP) do Carvão, surgiu com o intuito de recuperar os passivos ambientais oriundos da atividade de mineração e beneficiamento do carvão entre as décadas de 70 e 80. A ação foi proposta pelo Ministério Público Federal (MPF) visando a recuperação destas áreas e considerou réus empresas carboníferas, o Estado e a União.