O Protocolo é responsável pelo registro dos documentos, de setores, empresas, órgãos e população em geral. O protocolo online tem como objetivo dar acesso as informações dos processos que foram expedidos e recebidos dentro da instituição além da possibilidade de envio de novos processos, sem necessitar do deslocamento até a prefeitura.
O Protocolo do Aprova Digital, tem como foco os processos de obras e planejamento, como alvarás de construção, certidão de viabilidade, consulta prévia, viabilidade construtiva, habite-se (CCO) e renovações.
As condicionantes são documentos exigidos posteriormente a liberação do documento ambiental, estes devem ser apresentados para este órgão para que haja o controle do funcionamento conforme aprovado no ato de licenciamento. A Diretoria Municipal de Meio Ambiente realiza monitoramento destas empresas por meio da solicitação da entrega de relatório de condicionantes, desta forma fiscalizando conforme determina a Resolução CONAMA n 237 de 1997.