O Protocolo é responsável pelo registro dos documentos, de setores, empresas, órgãos e população em geral. O protocolo online tem como objetivo dar acesso as informações dos processos que foram expedidos e recebidos dentro da instituição além da possibilidade de envio de novos processos, sem necessitar do deslocamento até a prefeitura.
O Protocolo do Aprova Digital, tem como foco os processos de obras e planejamento, como alvarás de construção, certidão de viabilidade, consulta prévia, viabilidade construtiva, habite-se (CCO) e renovações.
Para a regulação da vegetação presente nos limites do município a Diretoria Municipal de Meio Ambiente realiza análises e vistorias para a realização de autorizações da corte de vegetação, a solicitação para esta atividade é necessário pois Criciúma possui a Lei Municipal nº 5.849 de 2011 que específica o corte de qualquer árvore.